A partir de la versión 3.3 del xml el SAT ya no permite partidas negativas en el mismo.
Es por eso que ahora se agrega el nodo de cfdi relacionado en el cual se incluye el UUID del o los anticipos que se aplican a la factura, y la factura va a salir por el importe total.
Al timbrar la factura con anticipos aplicados en el sistema de CXC se va a generar y timbrar de forma automática documentos cfdi de aplicación de anticipos, en la carpeta de Créditos.
Estos documentos son los que amparan que la factura lleva anticipos aplicados y al ser comprobantes fiscales también deben enviarse al cliente.
Para más dudas sobre el proceso completo contamos con el Podcast 52: Manejo de anticipos CFDI 3.3
https://soporte.microsip.com/podcast/